En la antigüedad estuvo habitado por indígenas, los Dominicos fundaron la Comunidad Religiosa  de Santo Domingo de Gonzanamá luego de la conquista española, después el pueblo gonzanameño  paso a convertirse en parroquia rural del Cantón Loja hasta el año de 1943 cuando por Decreto Legislativo emitido por el Dr. Carlos Arroyo del Río se lo declaró cantón, esto fue el 30 de septiembre de 1943.

"El Cantón Gonzanamá, era una parroquia de Loja; gracias al entusiasmo de sus hijos y a su influencia ante los Poderes Centrales, pudo obtener su cantonización.

El origen de su nombre parece que se debe a la toponimia aplicada a su forma de serpiente  que presenta, vista desde la cuesta de Luginuma, viniendo desde el sur; en la parte más elevada hay tres rocas que forman como las dos mandíbulas de una serpiente con sus fauces abiertas, que enseñan su lengua vuelta hacia el firmamento, mientras el cuerpo del animal va retorciéndose sobre la cumbre. Nos han dicho que en el repecho del monte hay una especie de cráter, lo que significaría que fue en tiempos remotos, una elevación volcánica; hay en sus faldas rocas ígneas  en abundancia; también se dice que cuando hay temblores, en esa zona se los siente con más violencia: lo está comprobando un desastre que causó un sismo al destruir casas y la hermosa fachada de piedra que construían el Párroco y el Pueblo para completar la estructura de su majestuoso templo que por sus dimensiones se asemeja a una catedral, el mismo que se dice fue iniciado por el Reverendo Párroco Sr. Agustín Mosquera, en los tiempos del Excelentísimo Sr. Obispo Eguiguren, quien bendijo la primera piedra, cuando era Obispo de Loja, construcción que la continúo el Sr. Cura Manuel Valdivieso y otros Párrocos. Ahí se venera la bella y portentosa imagen del Sr. del Buen Suceso, cuya fiesta se celebra el 20 de agosto de cada año proyectándose en Feria Comercial".

Tomado del Libro "Monografías de la Diócesis de Loja"  

Gonzanamá ha tenido que sufrir un verdadero viacrusis para obtener su cantonización, la idea surgió desde el año de 1898 en el que se solicita dicha cantonización aprovechando la presidencia del Dr. Manuel B. Cueva Betancourt.

En 1911 se vuelve a plantear la cantonización de Gonzanamá, con el nombre de cantón Espejo; en 1929 otra gestión esta vez con el nombre de cantón Ayora, aprovechando la presidencia del Dr. Isidro Ayora, hasta que por fin en 1938 se consigue el Decreto Supremo Nº 336 de Agosto 8, mediante el cual se cantoniza Gonzanamá con el nombre de cantón Ojeda, desgraciadamente cae la dictadura del Gral. Enriquez Gallo, y no se logra publicar el decreto en el registro oficial queda sin efecto este ansiado anhelo de los Gonzanameños.

Las gestiones nunca desmayaron y gracias a la perseverancia de sus grandes hijos el 27 de septiembre de 1943 se aprueba el Decreto Legislativo Nº 928, por el cual se crea el cantón Gonzanamá. El decreto fue firmado por el Dr. Carlos Arroyo del Río, Presidente de la República de ese entonces.

La unidad política cantonal esta integrada por una parroquia urbana Gonzanamá, que es la cabecera cantonal y por cuatro rurales Changaimina, Nambacola, Purunuma y Sacapalca.