La aldea de El Cisne fundada sobre el vértice del monte de su nombre fue asiento de familias Indianas descendiente de la antigua tribu de los Paltas. Los primeros pobladores fueron procedentes del valle de Chucumbamba (hoy Chuquiribamba),  a cuya jurisdicción perteneció El Cisne el largo período de dos y media centurias. Los Cisneños fijaron probablemente su residencia en aquel sitio hacia los años de 1560 o sea doce años después de la segunda y definitiva  fundación de la ciudad de Loja.

Durante el coloniaje, los territorios de El Cisne fueron parte integral de la provincia de Ambocas, a la cual pertenecían también los pueblos de San Lucas, Santiago y Chuquiribamba. Las tierras que se señalaron al principio a la comunidad de El Cisne, fueron más extensas en proporción de las que se concedieron ordinariamente a otros pueblos, al igual habitados por indios. Aún cuando de conformidad con las Leyes de Indias no se debía adjudicar a los naturales de cada asiento sin la Propiedad de una lengua en contorno del poblado. Sin embargo por excepción y a causa de ser El Cisne tan lleno de barrancos y despeñaderos, se le aplicaron algunas leguas a la redonda, según provisiones de la Real Audiencia de Quito, y varias ordenanzas confirmatorias de los corregidores de Loja. De este modo, los indios que vivían en su totalidad, consagrados a las faenas y labranzas de los campos, tuvieron en las sierras y montañas dilatados terrenos para cría y pastoreo de sus ganados, y en lo bajo, algunas sabanas de temple ardiente, donde cultivan con ventaja la caña de azúcar, plátanos, naranjos y otras plantas de la especie.

EL CISNE, a lo que parece, tuvo una población nada despreciable, puesto que en sus inmediaciones, se habían fundado tres parcialidades o dependencias, denominadas Ari, Ganajapa y Nona; esta última, la más antigua, dio en parte, origen a las otras. Sin embargo, se conoce que azotado el pueblo con frecuencia por terribles epidemias de viruela y sarampión, su población decayó notablemente, y un siglo después de fundado, el centro del poblado, no contaba sino con cinco indios tributarios de la Real Corona. Depopulación tan notable, entre otras razones, dio asidero a los visitadores nominados por la Real Audiencia, para que ordenaran hasta por tres distintas veces, en autos de visita, la reducción de los indios del Cisne, primeramente al sitio de Gonsaballes (hoy Gonzabal) y después al Valle de San Juan de Chuquiribamba. Sin embargo, estas ordenanzas no se redujeron a la práctica, porque justamente encariñados los indios con el suelo que les vio nacer, y repugnando por otro lado, la convivencia con los de Chuquiribamba, con quienes estuvieron siempre mal avenidos y en continuos desacuerdos, opusieron tenaz resistencia a las órdenes de reducción; y a la final, consiguieron que se expidiera una Real Ordenanza, según la cual, se les dejaba en libertad para trasladarse si lo querían, a Chuquiribamba, o para quedarse en el Cisne.

A principios del siglo XIV, el Cisne con todas sus dependencias fue dado en encomienda al Capitán don Juan Pancorvo, vecino de Loja, en cuyo cargo, por causa de muerte, le sucedió su esposa doña Felipa Arias de Castillo. Eran estas encomiendas un número determinado de indios que el Rey señalaba a un individuo para que tuviera cuidado de ellos, y recibiera, a su vez el tributo que les estaba tasado en víveres, o en alguna otra cosa útil. Obligación del encomendado era, el de conservar, amparar y defender a los indios de su encomienda.

Aunque las encomiendas de suyo tenían un carácter oneroso, fueron sin embargo, de gran utilidad para los indios, en cuanto con ellas, se les facilitó un medio de ser fomentados en el aprendizaje y conocimiento de las verdades cristianas.

Cisne y Chuquiribamba, dos aldeas que formaron parte integral de una misma parroquia, habíanse disputado entre sí la primacía de sede o cabecera parroquial, desde muy remotos tiempos. Entrando el siglo XVII, Chuquiribamba vino tan a menos en su población, que, en 1664, un conocido hombre público de la época, don Juan Mauricio de Eván, afirma que, por vivir los indios retirados y separados de todo comercio humano, había mucho mas de cincuenta años que no llegaba a dicho pueblo Corregidor alguno, siendo sus contados habitantes, llamados en las visitas al pueblo del Cisne.

Desde 1620 El Cisne fue constituido centro principal de la parroquia y en tal categoría se mantuvo más de un siglo, por la absoluta decadencia de Chuquiribamba, cuya población tocaba casi a su fin. Junto con los honores de cabecera y centro parroquial, designándose con el título de parroquia a doctrina de Santa María de El Cisne, calidad que conservo hasta mediados del siglo XVIII como lo acreditan muchos documentos de la época, y en especial más de 24 autos dictados en El Cisne por los visitadores Franciscanos, entre los cuales se registran uno del Ilustrísimo Romero, Obispo de Quito en 1720.

Aunque El Cisne es un lugar donde se han establecido algunas familias de mestizos, sin embargo en su mayoría la población actual se compone de naturales, que por lo general han conservado el carácter e inclinaciones propias de su raza. El Cisne fue siempre escogido por un cacique o Gobernador que la comunidad cuida de elegir periódicamente. Este empleado en calidad de primera autoridad tiene sus auxiliares de mando, conocidos con el nombre de Varayos, por la vara insignia de autoridad que se les entrega al posesionarlos. Son estos de diversas categorías y atribuciones, como alcaldes, regidores fiscales, alguaciles. De entre ellos, hay un fiscal y un alcalde llamados de la iglesia, por razón de los oficios que desempeñan en la fábrica del templo o servicio del párroco. Estos empleados entre otros deberes tienen el de vigilar  y  dirigir la escrupulosa recolección de desperdicios o residuos del alumbrado de la Virgen, la cual da un rendimiento de 15 a 18 quintales entre cera y estearina, en cada año.

En lo espiritual el régimen estuvo confiado por un párroco que residía en Chuquiribamba o el Cisne; por más de una y media centuria. El encomendado de El Cisne solía asistir al cura con una pensión para comprometerle a establecer y conservar la instrucción religiosa entre los indios y administrarles los sacramentos.

En 1763 con el cura Fray José Quintanilla, comienza de fijo la residencia de los párrocos en Chuquiribamba, quedando por lo tanto, el Cisne en la simple categoría de anejo. Mérito muy señalado y muy digno de encomio fue el de la venerable Orden Franciscana de haber trabajado con verdadero ahínco, en rodear del mayor prestigio y veneración al Santuario de María, manteniendo en lo posible  en la aldea de El Cisne algún fraile doctrinero.

El último franciscano que sirvió de cura de Chuquiribamba y Cisne, fue el Padre Juan Bautista Santoya en 1775 y al final de este año retiráronle lo religioso, pasando este a ser servido por el doctor Don Juan de Torres Hinojosa, primer cura presbítero secular. Este orden de cosas, vino a tomar otro semblante, cuando por los años 182; el Vicario secular don José María Riofrío erigió canónicamente la parroquia de San Pedro.

Entonces el pueblo de El Cisne se desmembró de Chuquiribamba y pasó a formar parte integral de esta nueva parroquia a cuya jurisdicción pertenece hasta el presente. En 1873 siendo presidente de la República del Ecuador el Dr. Gabriela García Moreno se elevó el Cisne a la categoría de parroquia civil.

Fuente: Monografías de la Diócesis de Loja.