El Museo de Arte Religioso de la parroquia de El Cisne se ubica en un amplio subterráneo de la Basílica, guarda los tesoros artísticos que son testimonios del amor y veneración del pueblo de Loja, provincias vecinas del Ecuador, Peruanos, Colombianos entre otros, a nuestra Señora de El Cisne.

Cuando la devoción se propagó por todo el Ecuador, cientos de fieles aglutinados en gremios, clubes, congregaciones religiosas, habitantes de los sectores fronterizos de la Provincia de Loja, emigrantes y personas de profunda fe,   en agradecimiento a los favores recibidos llegaban al Santuario de El Cisne donde permanece la Virgen para obsequiarle reliquias, vestimentas, ornamentos,  sacros, y recuerdos.