La Comunidad de Hermanos Franciscanos al radicarse en Loja, para servir y evangelizar a la población construyen la iglesia de estilo renacentista y neo-griego en honor a su patrono, San Francisco de Asís, quedando completamente devastada a causa del terremoto de 1.851, en el cuál se perdió importante información sobre la historia del convento e iglesia hasta ese año.

Según algunos archivos se conoce que el monasterio de San Francisco inicia su construcción cuando se funda la ciudad es decir en el año 1548.

Actualmente la bella Iglesia mantiene un estilo clásico colonial; su interior bellamente adornado guarda importantes muestras de Arte Religioso de Ecuador, razón por la cual se lo considera como un Museo Sacro.

Junto a la Iglesia principal se edificó la capilla a la Virgen de Fátima, sin duda una de las más hermosas y acogedoras de la ciudad; al lugar acuden diariamente los devotos para elevar sus oraciones a esta advocación de María, que se les apareció a tres pastorcitos, Jacinta, Francisco y Lucia, el 13 de mayo de 1917 en Fátima. La Virgen les rebela tres secretos; en los cuáles pide que oren para la salvación de los pecados, la conversión del mundo y que se establezca en Rusia la devoción al Inmaculado Corazón de María.

En la Iglesia principal se rinde culto al Divino Niño, es así que todos los días acuden al lugar devotos para pedir favores al Niño Jesús o agradecer por los innumerables milagros que Él concede a sus fieles, como lo prometió en el año de 1636 a Margarita del Santísimo Sacramento: "Todo lo que quieras pedir, pídelo por los méritos de mi infancia y tu oración será escuchada".

Esta hermosa Iglesia  se encuentra ubicada en el Parque de San Francisco, en la calles Bolívar y Colón.