Malacatos es considerada como una de las parroquias más antiguas de la Diócesis de Loja, conformada por los barrios, Yangana y San Bernabé cuenta con párroco propio desde el 16 de mayo de 1704, esto debido a la profunda fe y religiosidad de los moradores del sector. Los Misioneros Agustinos  fueron remplazados en su labor por el primer Párroco Diocesano Reverendo Padre Segundo Rodríguez quien se encargo de la labor evangelizadora desde el año 1897 hasta 1907.

El encanto natural del paisaje se enlaza con la devoción de la imagen del Señor de la Caridad, esculpida en el siglo XVIII, por encargo del Fray Santiago de Esparza. Cuenta la historia que los moradores del lugar realizaron donaciones para adquirir la imagen por esta razón se denomina Señor de la Caridad, a partir del momento que la imagen llego al lugar la fe, devoción y bendiciones se han esparcido rápidamente.

Párrocos y moradores se han preocupado continuamente del mejoramiento del templo que inicialmente era una pequeña iglesia con su casa parroquial construida a base de tapia, en el año de 1942 fue derribada por órdenes del P. Alfredo Narváez y sobre ella se construyó el Templo de estilo tradicional moderno.

Los esfuerzos y la devoción hicieron que continuamente vaya mejorando y algunos años después la gran obra es terminada por el P. Aurelio Abarca y el 1 de septiembre de 1951 se realiza la Bendición del nuevo Templo de Malacatos.

En 1985 el Padre Miguel Ángel Abad inicia una nueva reconstrucción del Templo que se mantiene hasta la actualidad. Las muestras de fe, devoción y esfuerzos realizados por los moradores de Malacatos fueron recompensados el 25 de agosto de 1995 cuando el Prelado de la Diócesis de Loja, conjuntamente con el Cabildo Diocesano y el Presbiterio Lojano, decidieron consagrar al templo como "Santuario Diocesano", en un acto muy representativo, con la presencia del Eminentísimo Señor Cardenal Bernardino Echeverría Ruiz y nuestra Reina Coronada la Sagrada Imagen de la Virgen del Cisne como Madrina de Honor.