Nació en la ciudad de Loja el 9 de agosto de 1900. Fueron sus padres Agustín Samaniego y Elisa Burneo.

Siendo niño su familia debió abandonar su tierra natal y radicarse en la ciudad de peruana de Piura, a causa de la persecución política que fue objeto su padre por parte de la diligencia alfarista radical. Realizó sus estudios primarios en esta ciudad, pero regresó a Loja para continuar sus estudios en el Seminario Menor. Cuando contaba con 22 años de edad se trasladó a Pasto, Colombia, con la finalidad de obtener su título de bachiller. Durante dos años estudió medicina en la ciudad de Cuenca. Concluyó su carrera médica en la Universidad Central de Quito. El 20 de marzo de 1930 se graduó de Licenciado en Medicina Humana y el 17 de noviembre del mismo año obtuvo su doctorado.

Como profesional oficializó sus servicios con varias entidades públicas y privadas, impulsado siempre por su deseo de saber más y servir con eficiencia a sus semejantes. En el ámbito del libre ejercicio profesional, se desempeño como cirujano de la clínica Quito y médico del Penal García Moreno, médico residente del Hospital Eugenio Espejo, médico de la Policía Nacional, de la  Compañía Anglo - Ecuatoriana Oil Fields y médico permanente de la Sociedad de Lavanderas de Machángara.

En la función pública, el doctor Juan José Samaniego desempeñó importantes cargos: Director de Higiene Escolar, en la ciudad de Quito. Delegado del Ministerio de Previsión, en el campamento petrolero de Ancón. Médico de epidemiología de la Jefatura Sanitaria de Pichincha y médico escolar de la provincia de Pichincha, médico del Dispensario Nº 14 de la Caja del Seguro.

Fue también su interés integrarse al voluntariado del servicio social, por lo que ingresó a la Cruz Roja Ecuatoriana.

Convencido de que el profesional médico debe estar siempre informado buscó y consiguió ser socio corresponsal de la Sociedad Tisiológica. Además colaboró con las siguientes publicaciones. El Heraldo, Revista del Centro de Estudios de Medicina, Boletín Poligráfico y el Periódico de la Asociación Médica Estudiantil. Fundador de la revista Perfiles Médicos.

Escribió sobre: cirugía general y ortopedia, problemas asistenciales y hospitalarios, problemas de patología, medicina interna y biología; disciplinas psiquiatritas y criminalística, problemas de salubridad nacional, historia de la medicina e inclusive sobre tópicos de biografía nacional. En este último aspecto son importantes sus obras: Monografía Sintética de la Provincia de Loja y el Resumen Cronológico de la Historia del Hospital San Juan de Dios (1565 - 1947).

Obra del Dr. Juan José Samaniego fue Criminología Médica Ecuatoriana, publicada en 1957, diez años después de su muerte por la Casa de la Cultura Ecuatoriana.

Capitulo aparte nos merece su inspirada creación poética. Ella viene robusta y con fuerza lírica suscitadota de un temperamento como el suyo. Son su inspiración los poemas: La eterna Lid, A Loja, Orad cuando yo muera, Sistólicamente, El hogar, Admonición al speaker de la radio, A la manera de Olmedo, Poema de la ferroviaria y la Feria de Loja entre otros.

Cuando el doctor Juan José Samaniego Burneo frisaba los 47 años de edad y desempeñaba, en 1974 las funciones de Médico del Dispensario Nº 14 de la Caja del Seguro, de manera inesperada y prematura lo sorprendió la muerte.

Fuente: Lojanos Ilustres del Ayer. Tomo 1